Родился 1 июля 1894 года в Одессе на Молдаванке, в состоятельной семье евреев. Вскоре семья переехала в Николаев. Обратно в Одессу в 1905. Учился в Коммерческом училище. В 1916 Исаак заканчивает Киевский Коммерческий институт. По настоянию отца изучал древнееврейский язык и еврейские священные книги, брал уроки на скрипке у известного музыканта Столяровского, участвовал в театральной самодеятельности.
Бабель познакомился со своим будущим другом, писателем Максимом Горьким, в 1916 году. Их дружба стала основным стимулом его жизни. Благодаря Горькому Бабель начал сотрудничать с журналами, с газетой «Новая жизнь».
В 1917 году Бабель вступил в ряды кавалерии российской армии, служил на Румынском фронте и в Петрограде. Он пробыл в армии несколько лет, в течение которых писал свои заметки о службе в ней для газеты «Новая жизнь», много времени уделял написанию рассказов. Когда его спрашивали о службе в армии, отвечал коротко, - «ненавижу войну».
В 1925 году пришла слава. Роман Конармия (1926 г.) принес славу мировую. Его перевели на одиннадцать языков.
После публикации книги «Конармия», получил признание как писатель. Собрание историй, написанных на основе его участия в Советско-польской войне 1920 года, шокировало читателей своей жестокостью, но в то же время впечатлило юмором, перед лицом жестокости.
В 1931 году Бабель публикует «Одесские рассказы». Его хвалят за реализм, простоту написания и умелые изображения героев из периферии общества. В 1935 году Бабель написал пьесу «Мария» и четыре рассказа, среди которых были «Суд» и «Поцелуй».
В течение своей не слишком долгой жизни Исаак Бабель создал множество произведений самых разных форматов. В основном это были рассказы, которых он написал 80 штук, писал он и киносценарии, и даже пьесы.
Вскоре Бабель попал под пристальное внимание критиков, которые искали даже малейшее упоминание о его нелояльности к советскому правительству. Писал он все меньше и три года повел уединенно. Его ближайший друг – Максим Горький – умер в 1936 году.
В мае 1939 года был арестован НКВД. Было изъято множество его рукописей, которые в результате оказались утерянными навсегда. Казнили его 27 января 1940 года. Родственникам Бабеля ещё полтора десятка лет в ответ на их запросы сообщали, что он жив и находится в лагере.
В 1954 реабилитирован. 1956 – новый виток мировой славы, теперь уже посмертной.
При активном участии Константина Паустовского Исаак Бабель был возвращен в советскую литературу.
Творчество Исаака как нельзя лучше воплотило в литературе патетику революционной ломки, взлеты духа, перемешанные с благородством, жестокостью и низостью. Его модель и структура современной эпохи: один против всех, чудом выживая, противостоять гибельности, единственно своим талантом.
Память писателя была увековечена ещё в прошлом столетии, в его честь назвали горный пик и астероид.